في إطار منح الجامعة الإسلامية تشبيك العلاقات مع المؤسسات الأكاديمية داخل الوطن وخارجه مساحة واسعة من الاهتمام شهد حقل الدراسات العليا على صعيد مناقشة رسائل الماجستير حراكاً فعالاً مع عدد من الجامعات الوطنية والعربية والأجنبية، حيث جرت مؤخراً مناقشة عدة رسائل ماجستير عبر تقنية البث المباشر “الفيديو كونفرنس”، فقد استضافت العمادة الدكتور فواز عقل –مناقش خارجي من جامعة النجاح بنابلس؛ لمناقشة الطالب أحمد الصوفي –من قسم المناهج وطرق التدريس بكلية التربية، كما تفضل الدكتور عماد شبلاق –مناقش خارجي من المملكة العربية السعودية- بمناقشة الطالب أسامة السعداوي -من قسم الهندسة المدنية بكلية الهندسة، إلى جانب إشراف الدكتور زياد الحوامدة –نائب عميد كلية العلاج الطبيعي بالجامعة الأردنية- على رسالة ماجستير للطالبة أماني مزهر بقسم علم النفس-علوم التأهيل.
وفي موضوع متصل ناقش الدكتور أنيس الحجة –من جامعة بيرزيت- رسالة الماجستير للطالبة بهية صباح –من قسم إدارة الأعمال بكلية التجارة، وناقش الأستاذ الدكتور يحيى الفرحان –من الجامعة الأردنية- الطالبة هبة البنا –من قسم الجغرافيا بكلية الآداب، إلى جانب مناقشة الأستاذ الدكتور أليستر بر –من جامعة يورك البريطانية- للطالب محمد الأسطل –من قسم الهندسة الكهربائية، كما تفضل الأستاذ الدكتور سامر مظهر قنطقجي- رئيس الجامعة الاسكندينافية بالنرويج والخبير في الاقتصاد الاسلامي، بمناقشة الطالب عامر حسن عفانة من قسم المحاسبة بكلية التجارة.