تم افتتاح المبنى الجديد للمكتبة عام 1424هـ / يونيه 2003م  بتبرع من صندوق الأقصى المنبثق عن القمة العربية بإشراف البنك الإسلامي للتنمية ويتكون مبنى المكتبة المركزية من خمسة طوابق موزعة على النحو التالي:

        - المداخل الرئيسية للمبنى.

        - وحدت ا الإعارة والإرجاع وغرفتا الأمانات جهتي الطلاب والطالبات .
        - قاعةالدوريات:وتضم الدوريات العلمية باللغتين العربية والإنجليزية والأرشيف الصحفي والجرائد اليومية والأسبوعية باللغتين العربية والإنجليزية بالإضافة إلى جناح المجموعات الخاصة التي تضم أوعية المعلومات ذات الطابع الخاص مثل:

      الكتب التي تتناول الشئون الفلسطينية (تربية- تعليم- بيئة- ... إلخ).

        الكتب والإصدارات الحكومية الخاصة بالمؤسسات الرسمية الفلسطينية

      الرسائل العلمية " الماجستير والدكتوراه" باللغتين العربية والإنجليزية.

        بحوث التخرج لطلبة الجامعة الإسلامية.

        مطبوعات وإصدارات ونشرات الأمم المتحدة والمنظمات التابعة لها.

        الكتب والإصدارات التي تتناول الشئون الإسرائيلية.

     -  غرفة خدمات التصوير للطلاب والطالبات.

     - قاعة الكتب العربية : التي تزخر بالكتب العربية القابلة للإعارة في شتى المجالات العلمية والأدبية والأكاديمية وغيرها، والتي تخدم كافة تخصصات الطلبة بالجامعة باختلاف مستوياتهم.

      - مكتب رئيس قسم خدمات المستفيدين.

       - قاعة المراجع :  التي تضم جميع أوعية المعلومات باللغة العربية التي ينطبق عليها الصفة المرجعية مثل : الموسوعات والأطالس والمعاجم اللغوية والمؤلفات متعددة الأجزاء . وجميع محتويات هذه القاعة لا تعار فقط للبحث والتصوير.

       - غرفة خدمة التصوير للطلاب والطالبات.

      - قاعة الكتب الإنجليزية :  وتحوى هذه القاعة الكتب والمراجع باللغة الإنجليزية في شتى المجالات المعرفية ويسمح باستعارة جميع مقتنياتها ماعدا الكتب المرجعية.

      -  مختبرا الإنترنت: حيث تقدم خدمات البحث في الإنترنت وقواعد البيانات لكلا الجنسين في آن واحد

        - مختبر حاسوب لتخريج الحديث النبوي الشريف إلكترونياً: حيث يضم العديد من أجهزة الحاسوب المحملة عليها برامج وكتب إلكترونية خاصة بتخريج الحديث النبوي الشريف.

        - المكتبة الإلكترونية: حيث توفر الاشتراك في قواعد البيانات العالمية وكذلك توفير الأقراص المدمجة الخاصة بالبرامج الحاسوبية أو التابعة للكتب، وتهتم بتوفير الكتب الإلكترونية وإتاحتها للمستفيدين.

        - إدارة المكتبة : وتضم مكاتب عميد المكتبات ومدير المكتبة وسكرتير المكتبة.

        - الإجراءات الفنية: والتي تضم وحدتي الفهرسة والتصنيف ووحدة التزويد، التي تعمل على  تجهيز أوعية المعلومات وإتاحتها للمستفيدين.