تتولى عمادة البحث العلمي العمل من أجل تحقيق أهداف الجامعة في دعم وتحرير البحث العلمي في مختلف المجالات ، وتشرف على إصدار مجلة علمية محكمة تضم عددين أحدهما للدراسات العلمية والآخر للدراسات الإنسانية ، وتصدر المجلة مرتين في كل عام وقد نشرت المجلة عشرات البحوث في مختلف المجالات.
كذلك تشرف العمادة على تحكيم الأبحاث لأساتذة في الجامعة الإسلامية لأغراض الترقية، وتتولى بالتنسيق مع الأٌسام الأكاديمية عقد المؤتمرات العلمية والأيام الدراسية ، وتشجيع أعضاء الهيئة التدريسية على المشاركة بأوراق عمل في المذكرات العلمية على المستوى المحلي وكذلك على المستى العربي والدولى