تدعم الجامعة البحث العلمي، وتنظر إليه على أنه ركيزة من ركائز العملية الأكاديمية والتنمية المجتمعية، وتتولى عمادة البحث العلمي الإشراف على حركة البحث العلمي والتي تطورت على مدار ثلاثين عاماً من سنوات عطاء الجامعة.
وخلال الثلاثين عاماً حققت الجامعة الكثير من أوجه العطاء في مجال البحث العلمي، ومن صور ذلك:
-   جائزة الجامعة الإسلامية للبحث العلمي: وتهدف إلى تشجيع ودعم الباحثين في الجامعة الإسلامية لإجراء أبحاث أصيلة ومتميزة، وتفعيل التقصي والمعالجة المباشرة للإشكاليات التنموية التي تواجه المجتمع، وتعزيز ثقافة البحث العلمي.
-   جائزة الجامعة الإسلامية لأبحاث التخرج: وتهدف إلى دعم وتشجيع طلبة الجامعة الخريجين لإجراء أبحاث متميزة تساهم في تطور العلوم وتنمية المجتمع، ونشر ثقافة البحث العلمي عند طلاب الجامعة.
جوائز خارجية حصل عليها أكاديميون وطلبة من الجامعة:
 حصلت الجامعة الإسلامية على عدد من الجوائز الوطنية، والإقليمية، والدولية، ومن أبرزها: جائزة البنك الإسلامي للتنمية في العلوم والتقانة عن فئة المؤسسات المشهود لها بالتميز في مجال البحث العلمي، وجائزة جاليليو الدولية للبصريات، وبراءة اختراع من المكتب الأمريكي لتسجيل براءات الاختراع بالولايات المتحدة الأمريكية، وجائزة من شركة غوغل العملاقة، وجائزة مؤسسة كريم رضا سعيد، وجائزة مؤسسة إيمرالد الدولية التي حصلت عليها مرتين، وجائزة كيرشوف، وجائزة سمو الأمير سلطان بن عبد العزيز، وجائزة عبد الحميد شومان،
 وجائزة جامعة النجاح الوطنية للبحث العلمي، وجائزة هشام أديب حجاوي للبحث العلمي التي حصلت عليها مرتين، وجائزة المهندس زهير حجاوي للبحث العلمي، والتي حصلت عليها ثلاث مرات.
 
 
المؤتمرات العلمية والأيام الدراسية:
-   تعقد الجامعة المؤتمرات العلمية والأيام الدراسية وقد شهدت السنوات الثماني الأخيرة حركة نشطة للمؤتمرات العلمية ذات الأبعاد الوطنية والدولية التي عقدت في الجامعة، وهي مؤتمرات تتناول مجالات طبية، وهندسية، وعلمية، وإنسانية، وشرعية، وقد استقطبت هذه المؤتمرات عدداً كبيراً من الأكاديميين والباحثين من داخل فلسطين وخارجها.
-   يشارك أعضاء هيئة التدريس في الجامعة منذ سنوات طويلة في المؤتمرات العلمية التي تعقد خارج فلسطين، وتساهم تلك المشاركات في إثراء البحث العلمي، والإطلاع على تجارب الآخرين، والاستفادة منها.
 
نظام التفرغ العلمي:
تشجع الجامعة الأكاديميين على البحث العلمي، وقد أقرت نظاماً للتفرغ العلمي بحيث يستحق بموجبه عضو هيئة التدريس إجازة تفرغ علمي يقدم خلالها إنجازات بحثية.
 
مجلة البحث العلمي:
تصدر عمادة البحث العلمي مجلة علمية مرتين سنوياً، وتضم المجلة عشرات البحوث العلمية الأصلية، وتصدر المجلة في ثلاث سلاسل، هي: سلسلة الدراسات الإسلامية، وسلسلة الدراسات الإنسانية، وسلسلة الدراسات الطبيعية والهندسية.