درس الطلبة خلال السنوات الأولى لنشأة الجامعة في الخيام والقاعات المسقوفة بالاسبست، وكانت كل غرف أعضاء الهيئة التدريسية منشأة من هذا النوع من القاعات، ولم يكن يتوفر خلال السنوات الأولى من عمر الجامعة مباني دائمة للكليات المختلفة، أو المختبرات، ومع الإقبال المتزايد من الطلبة على الدراسة بالجامعة باتت الحاجة ملحة للتوسع العمراني لتلبية الاحتياجات الأكاديمية والإدارية والعلمية والمجتمعية والثقافية.
وضعت الجامعة مخططاً أولياً لبناء منشآتها من قاعات التدريس، والإدارة، والمختبرات العلمية والهندسية، وغيرها من المرافق الضرورية للحياة الجامعية، وقد بذلت هيئة المشرفين ومجلس الأمناء جهوداً كبيرة لتحقيق تلك الحاجة الملحة، من خلال استقطاب القدرات المالية الفلسطينية والعربية والإسلامية والدولية لبناء الجامعة ومرافقها.
بدأت الجامعة الإسلامية منذ عام 1994م، بعد رحيل الاحتلال عن قطاع غزة، في تنفيذ مخططها العمراني في مقر الجامعة الرئيس في مدينة غزة، والذي يقع على مساحة(105) دونمات، وخلال قرابة عشرة سنوات تم بناء المباني الدائمة في ذلك المقر، وتضم هذه المباني:

1- مبنى القدس:
تم تشييد المبنى عام 1417هـ / 1996 م بمساهمة كل من:
الصندوق العربي للإنماء الاقتصادي والاجتماعي – الكويت، لجنة فلسطين الخيرية – الكويت، جمعية قطر الخيرية – قطر، العاملين والطلبة بالجامعة وتم افتتاح هذا المبنى، وهو المبنى الأول في الجامعة، يوم الخميس 28 رمضان 1414 هـ الموافق 6/2/1997, ويتكون المبنى من 5 طوابق بمساحة 1500م2 للطابق.

2- مبنى اللحيدان:
تم إنشاء المبنى بتمويل من المحسن الشيخ محمد العبد الكريم اللحيدان، وتم افتتاحه بتاريخ 6جمادى الآخرة 1419هـ الموافق 26/9/1998, ويتكون المبنى من 5 طوابق بمساحة 1500م2 للطابق بالإضافة إلى طابق تسوية.

3- مبنى طيبة":
تم افتتاح المبنى بتاريخ 28 جمادى الأولى 1419هـ الموافق 19/9/1998، ويتكون المبنى من 5 طوابق بمساحة 1500م2 للطابق، بالإضافة إلى طابق تسوية.

4- مبنى المختبرات العلمية:
ويتكون المبنى من 5 طوابق بمساحة 860م2 للطابق بالإضافة إلى طابق تسوية.

5- مبنى المختبرات الهندسية(مبنى سمو الأمير تركي بن عبد العزيز للهندسة والتكنولوجيا):
تم افتتاح المبنى في شهر جمادى الآخرة 1422هـ الموافق 9/2001, ويتكون المبنى من 5 طوابق بمساحة 500م2 للطابق، بالإضافة إلى طابق تسوية.

6- مبنى الأنشطة الطلابية (مبنى صاحب السمو الشيخ حمد بن خليفة آل ثاني أمير دولة قطر للقاعات الدراسية والأنشطة الطلابية بإشراف جمعية قطر الخيرية)
يتكون المبنى من 4 طوابق بمساحة 770م2 للطابق، بالإضافة إلى طابق تسوية.

7- مبنى المكتبة المركزية:
تم تشييد هذا المبنى بتمويل من صندوق الأقصى المنبثق من القمة العربية بإشراف البنك الإسلامي للتنمية, وتم افتتاح هذا المبنى يوم الثلاثاء 2صفر 1425 الموافق 23 مارس 2004 ،ويتكون المبنى من 5 طوابق بمساحة 900م2 للطابق بالإضافة إلى طابق تسوية.

8- مبنى المدينة المنورة ( على ساكنها أفضل الصلاة والسلام ):
تم افتتاحه يوم الثلاثاء 2 شعبان 1423هـ الموافق 8/10/2002, ويتكون من 5 طوابق بمساحة 1280م2 للطابق بالإضافة إلى طابق تسوية.

9- مبنى المؤتمرات والندوات:
تم افتتاح المركز مع بدء احتفالات تخريج الفوج الثالث والعشرين بتاريخ 23 يوليو 2004م ، ويتكون المبنى من طابقين بمساحة 2400م2 للطابق الأرضي بالإضافة إلى طابق تسوية ويحتوي المبنى على:
• قاعة المؤتمرات الكبرى
• المعرض الجامعي
• قاعة الضيافة الكبرى
• المكاتب الإدارية وورش العمل

10- مبنى الإدارة وهيئة التدريس ( مبنى مملكة البحرين):
تم افتتاح هذا المبنى في سبتمبر ،2005 ويتكون المبنى من 5 طوابق بمساحة 1650م2 للطابق بالإضافة إلى طابق تسوية.

11- مبنى عمادة خدمة المجتمع والتعليم المستمر:
تم تنفيذ هذا المبنى بتمويل من الوكالة الفرنسية للتنمية ومن خلال السلطة الوطنية الفلسطينية وإدارة تجمع مؤسسة التعاون في سبتمبر 2006, ويتكون المبنى من 4 طوابق بمساحة 840م2 للطابق.

12- مبنى تكنولوجيا المعلومات:
تم إنشاء هذا المبنى بتمويل من أبناء المرحوم عبد اللطيف عارف, وتم افتتاحه في 8/2007, ويتكون المبنى من 5 طوابق بمساحة 800م2 للطابق.

13- مبنى القاعات المدرجة:
يتكون من 5 طوابق بمساحة 820م2 للطابق، بالإضافة إلى طابق تسوية.

14- مسجد الجامعة:
يتكون المسجد من طابق واحد بمساحة 890م2 للطابق.

15- مبنى الإدارة القديم:
يتكون المبنى من طابقين وبمساحة 1150م2

16- مبنى القبول والتسجيل وشئون الطلبة:
يتكون المبنى من طابقين بمساحة 400م2 للطابق، بالإضافة إلى طابق تسوية.

شهدت الجامعة على مدار ثلاثين عام الكثير من التطورات الأكاديمية والعلمية والمجتمعية، وزاد إقبال الطلبة عليها، وقد حرصت الجامعة على التوسع في الخدمات التي تقدمها فجاء التوسع الأفقي الذي تشهده الجامعة عبر فرع الجامعة الإسلامية في الجنوب، مدينة العلوم الهندسية والتكنولوجية، مدينة العلوم الهندسية والتكنولوجية.
فرع الجامعة الإسلامية في الجنوب:
غزة تقدم الجامعة خدمة لطلبتها في جنوب قطاع غزة بطرح عدد من المساقات في مركز خاص بالجامعة في الجنوب لاسيما للطلاب والطالبات في المستويين الأول والثاني، وفي التخصصات التي يتوفر لها الأساتذة الأكفاء والعدد الكافي من الطلبة، ويقوم هذا المركز على مساحة حوالي خمسة وثلاثين دونماً من الأرض شيدت الجامعة عليها مبنيين، والجامعة تعمل على توسيع وتطوير خدماتها لطلبة الجنوب من خلال هذا المركز.

مدينة العلوم الهندسية والتكنولوجية:
وضعت الجامعة مخططاً هيكلياً متكاملاً لإقامة مدينة العلوم الهندسية والتكنولوجية على مساحة مائة وأربعين دونماً ضمن أراضي المنطقة المحررة من المستوطنات شمال مدينة الزهراء إلى الجنوب من مدينة غزة، حيث ستقدم المدينة نوعين من الخدمات، الأول: خدمة التعليم العالي في مجالات الهندسة والتكنولوجيا، والمرتبطة بكليتي الهندسية وتكنولوجيا المعلومات، وبرامجهما لدرجتي الماجستير والبكالوريوس، أما النوع الثاني من الخدمات فيختص بخدمة الاختراع والتطوير والشراكة مع قطاع الأعمال والصناعة، وسيؤدي هذا النوع عمله من خلال الواحات العملية والتقنية وحاضنات الأعمال، والمراكز البحثية والخدماتية، وقد بدأ العمل بتشييد مبنيين من مباني هذه المدينة.

المدينة الطبية:
خصصت الجامعة قطعة من الأرض بمساحة (35) دونماً في شمال قطاع غزة لإقامة المدينة الطبية، التي سوف تضم كلية الطب والعلوم الصحية، والمستشفى الجامعي، وذلك بهدف توفير تعليم طبي محلي متميز، وتخريج أطباء متميزين، ومرتبطين بالواقع المحلي، واستقطاب وتوفير كفاءات طبية ماهرة في التعليم الطبي، والمساهمة في تأهيل الطواقم الطبية وتحسين مستوى الخدمات الطبية في قطاع غزة، وقد تم إعداد مخطط هيكلي للمدينة الطبية، ويجري إعداد المخططات التفصيلية للمستشفى الجامعي الذي سيتم الشروع بإنشائه قريباً بإذن الله.